Po pięciu latach trudnego pasterzowania w Pradze Wojciech udał się do Rzymu. Tam również papież zgodził się na krótkie pozostanie w Rzymie, by biskup mógł odpocząć i spokojnie rozważyć powstałą sytuację. Z czasem pobyt przedłużył się, metropolita moguncki, jak i Czesi prosili przyszłego świętego o powrót do Czech, obiecując jednocześnie naprawę dawnych występków.
Ostatecznie Wojciech powrócił do diecezji i w 992 r. podjął przerwane obowiązki pasterskie. Poprawa diecezjan nie trwała jednak długo. Ponownie wypłynęła bowiem sprawa handlu chrześcijańskimi niewolnikami, ale nie ustawały również inne publiczne występki, takie jak: cudzołóstwo, bicie i dręczenie kobiet, morderstwa, czy niezgodnie z chrześcijańskimi obyczajami grzebanie zmarłych, gdzieś w lasach czy na polach.
Wojciech zdecydował się, po wielu latach ciężkiej pracy na bardzo trudnej placówce, na ponowne opuszczenie diecezji. Jego decyzja była całkowicie dojrzała, była podyktowana przede wszystkim poczuciem odpowiedzialności przed Bogiem i Kościołem za powierzoną owczarnię, której nie był w stanie zmienić. Biskup ponownie udał się do Rzymu, tym razem ze swoim bratem Radzimem i został przyjęty, tak jak podczas poprzedniego pobytu, w klasztorze św. Bonifacego i Aleksego.
Również w Rzymie spotkał się ponownie z metropolitą mogunckim, Willigisem, który po raz kolejny zachęcał do powrotu do rodzimej diecezji. Jednak wydarzenie z końca września 995 roku, a więc krótko po odejściu Wojciecha, na stałe pogrzebało ewentualny powrót, bowiem panujący wtedy książę Bolesław II wymordował całe rodzeństwo biskupa, prócz braci, przebywających w tym czasie poza granicami kraju.
W związku z niemożliwością powrotu do kraju biskup został mnichem. Po odbyciu rocznego nowicjatu złożył śluby zakonne: czystości, ubóstwa i posłuszeństwa. Również w tym okresie pobytu w klasztorze, zrodziło się w duszy Wojciecha pragnienie męczeństwa za wiarę, jako najwyższy wyraz miłości Boga i bliźniego. Kanapariusz wspomina o widzeniu sennym Wojciecha, w którym ujrzał niebo, a w nim dwa orszaki: jeden w szatach purpurowych, drugi w śnieżnobiałych i usłyszał głos mówiący do niego: „Wśród jednych i drugich masz miejsce, uczestnictwo i należną cześć”. Ukazanie dwóch dróg wiodących do świętości, mianowicie męczeństwo i wzorowe życie oraz stwierdzenie, że na jednej i drugiej drodze Wojciech ma zapewnione miejsce, prowadzi do wniosku, że mógł on osiągnąć świętość, zarówno jako świętobliwy biskup i zakonnik, jak i męczennik.
Wojciech czuł się dobrze w zakonie, ale chciał więcej, chciał pielgrzymować. Pierwsza i najtrudniejsza, planowana przez niego pielgrzymka do Ziemi Świętej nie doszła do skutku. Później zaś zdecydował się na kilkumiesięczne wędrowanie do sanktuariów Europy. Po przekroczeniu Alp udał się do Moguncji na spotkanie z metropolitą Willigisem oraz z młodym cesarzem Ottonem III, a następnie wędrował do sanktuariów, które znajdują się obecnie na terenie Francji. Natomiast pod koniec listopada 996 roku powrócił do Moguncji, a w grudniu tego roku wyruszył w stronę Polski.
