Kościół parafialny św. Franciszka z Asyżu jest zbudowany w stylu neogotyckim. Posiada trzy nawy. jego długość wynosi 52 m, szerokość w transepcie 30 m, wysokość 17 m, powierzchnia 1160 m2.
6.03.1891 r. profesor Mohn i przedstawiciele społeczności katolickiej z Siedlec wniesli podanie do Biskupa Chełmińskiego z prośbą o udzielenie zgody na budowę samodzielnej parafii. 6.05.1892 r. powołano Stowarzyszenie Budowy Kościoła.
Wykonanie projektu kościoła zlecono w 1897 r. niemieckiemu architekstowi z Berlina - Augustowi Menkenowi.
8.05.1904 rozpoczeto prace ziemne pod fundamenty, a po 3 miesiącach - 31.07.1904 - odbyło sie poświęcenie i położenie kamienia węgielnego. Budowa kierował majster Szulc z Pruszcza Gdańskiego, gospodarzem budowy był ks. Stanisław Białk.
4 grudnia 1906 r. nowowybudowany kościół został konsekrowany przez J.E. ks. bpa A. Rosentretera. Pierwszym proboszczem został ustanowiony ks. Stanisław Białk (ur. 1875, zm. 1939). Na mocy dekretu bpa A. Rosentretera, z dniem 1 lipca 1907 r. została erygowana Filialna Gmina Kościelna Siedlce-Emaus.
Podczas II Wojny Swiatowej zostały zniszczone: wieża (16 m), zegar, dach. sklepienie, trzy ołtarze, witraże, organy 32 głosowe, częśc murów, centralne ogrzewanie oraz kanalizacja burzowa.
Kościół został częściowo odbudowany z gruzów i ponownie poświęcony 28 marca 1948 r. przez administratowa apostolskiego ks. A. Wronkę.
Przed 1945 r. w kościele św. Franciszka z Asyżu w Gdańsku-Emaus były 32-głosowe organy wybudowane przez firmę Maxa Terletzkiego. Wiosną 1945 r. w czasie ofensywy wojsk radzieckich kościół i jego wnętrze zostały zniszczone w 70%.
Odbudowę organów powierzono firmie Józefa Sobiechowskiego z Bydgoszczy. Prace rozpoczęły się jesienią 1949 r. Z materiału ocalałego po wojnie postawiono 10 głosów. Dano nowe przewody, motor i wiatrownice. Uroczyste poświęcenie instrumentu odbyło się w czasie pasterki 24 grudnia 1949 r. Józef Sobiechowski kontynuował odbudowę organów z krótkimi przerwami do grudnia 1953 r., kiedy to komisja odbiorcza w dniu 19 grudnia 1953 r. uznała prace za zakończone. Organy odbudowane przez J. Sobiechowskiego miały 29 głosów.
W latach 1965-1975 przeprowadzono generalny remont dachu, centralnego ogrzewania, kanalizacji burzowej, organów, wstawiono okna oraz wykonano nowy wystrój prezbiterium, tj.: główny ołtarz, tabernakulum, figurę Chrystusa, ambone i chrzcielnicę. Prezbiterium i okna projektował inż. K. Macur, a wystrój plastyczny zaprojektowali i wykonali mgr E. Szczodrowski i mgr. R. Pelpliński.
